web中发现了问题，但是程序员随之更新上传了修改的版本，旧问题就不会再现，请问如何控制版本呢？

首先保证你的测试环境一定要和开发环境分开（貌似你们是用的一个环境），这很重要；
其次测试环境的文件版本、数据库结构/数据等开发人员应该是没有权限修改的，提交新的测试版本要经过测试人员更新，还有就是测试人员更新新的版本是也要做好版本控制，每个送测的版本都要有备份（这样每个bug都可以在相应的版本中重现，对bug的分析很有好处）。