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标题: 内存是怎么不翼而飞的？ [打印本页]
作者: 热情的绿洲 时间: 2023-7-17 10:38
标题: 内存是怎么不翼而飞的？
一、前言
近几年开发了一些大型的应用程序，在程序性能调优或者解决一些疑难杂症问题的过程中，遇到最多的还是与内存相关的一些问题。例如glibc内存分配器ptmalloc，google的内存分配器tcmalloc都存在“内存泄漏”，即内存不归还操作系统的问题；ptmalloc内存分配性能低下的问题；随着系统长时间运行，buffer/cache被某些应用大量使用，几乎完整占用系统内存，导致其他应用程序内存申请失败等等问题。
之所以内存相关的问题层出不穷，关键还是它的地位太重要了。这次还是与内存相关，分享的是追踪buffer/cache占用的内存到底被谁（哪些应用程序）偷吃了！
有关buffer/cache的文章，大多提及的是如何释放并归还到系统的方法，但是分析buffer/cache内存消耗背后原因的相关文章却凤毛麟角。buffer/cache为什么会增长，它到底被哪些程序使用了，我相信这也是很多同行的疑惑，因此想通过本篇文章分享一些buffer/cache内存消耗问题的跟踪方法，为类似问题的优化和解决提供一些参考。
二、问题描述
如下图1和图2所示，buffer/cache已经占用了46GB的内存，达到了整个系统内存的37%，这个占比已经非常高了。buffer/cache长期占用不释放，同时供系统上其它进程使用的可用内存几乎快没了。
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为啥最近又开始与buffer/cache纠缠上了呢？
“echo 1 > /proc/sys/vm/drop_caches”释放的是所有cache，这些cache是当前系统上所有程序在运行过程中加载到内存的一些文件信息，这些信息被当做缓存用，好处是CPU下次读取某个文件时就会比第一次从磁盘读取快多了。drop_caches执行时会清空所有cache，这样会带来一个问题：当某些程序需要读取之前加载到cache的信息时就需要重新从磁盘读取，这就会产生IO等待，或者IO竞争，从而拖累程序性能。在某些平台上，我们已经发现有高性能程序因为cache的粗暴清空产生了性能抖动。因此，我们就没法像以前一样回避buffer/cache到底被谁使用的问题，并且直接粗暴释放的策略在某些平台上也就失效了。
根据上面的描述，我们当前面临的问题就是：究竟是谁占用了buffer/cache，以及弄清是谁占用后，是否可以规避它对buffer/cache的大量使用。面对这个问题，老板最近又上火了。
作者: 热情的绿洲 时间: 2023-7-17 11:03
三、buffer/cache使用跟踪
开始介绍一下调查buffer/cache占用的跟踪思路吧。
1、hcache
网上有一些帖子分享了hcache可以查看哪些文件使用了cache，那hache真的可以帮助我们对buffer/cache进行全面调查吗？我们一起来看看。
根据前面的问题描述，当前buffer/cache已经占用了46GB的内存。先使用hcache查看一下top100的cache占用，如下图所示（截取了Cached靠前的一部分）。
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top100，即使top200的Size统计之和，也只有几个GB，离46GB相差甚远，结果说明hcache遗漏了很多cache的使用统计。
hcache还有一个能力，查看某个进程当前使用的cache。我们看看clickhouse的cache使用，结果如下图所示。
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正在运行的clickhouse，居然只能看到程序可执行文件本身当前的cache占用，程序运行过程中已打开的cache文件却没统计。不过这里有个小收获：程序加载进内存后，程序的可执行文件，依赖的库文件使用的内存都是在buffer/cache里。
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从上面的结果发现hcahce有很多缺点，只能粗略的看到一些可执行程序文件，或者一些库文件使用的cache大小，没有统计各程序运行态的cache使用，因此对cache占用问题的排查作用非常有限。
2、top + lsof + fincore
找了很多资料，除了hcache确实没有其他方法可以统计当前运行程序消耗的cache大小了，但是hcache本身不可靠。没有直接的办法，那就只有围魏救赵了，这也是buffer/cache分布情况不便跟踪调查的原因。
该从哪里入手呢？当然是top命令给方向，哪些程序cpu使用率高，且使用了一定的内存，那就查它。因为只有它们才有可能在不断的使用cache，调查大方向有了。
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下一步呢？buffer/cache的使用肯定跟文件相关啊，还是那句话：linux一切皆文件。那有没有可以实时查看某个进程当前已打开的文件方法？lsof命令可以！我们用lsof查一下clickhouse，某时刻，clickhouse打开的文件如下图7图8所示，篇幅太长，图7只截取了前面部分。
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图8只截取了类型TYPE=REG（REG表示文件类型为普通，还有DIR为目录等等等），即截取了clickhouse当前打开，且正在使用的一部分类型为普通的文件。
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不断的执行：lsof -p $(pidof clickhouse-server)，发现每次查看到的文件名都不一样。好了，这说明clickhouse会在运行过程中不断的大量打开，读写和关闭文件。嫌疑很重了。
命令行：lsof -p $(pidof clickhouse-server) | grep 'REG' | awk '{print $9}' | xargs ./fincore --pages=false --summarize --only-cached *
截图较大，点开看会清晰一点。
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fincore统计了命令行执行时，clickhouse当前打开的文件使用的cache之和为1.2GB左右。到这里，当前的探索结果与前文提到的问题：究竟是谁占用了buffer/cache，越来越接近了。
通过top + lsof，发现了一个非常重要的线索，就是clickhouse在目录/opt/runtime/esch/ch/store下频繁的打开了很多文件，那这个目录下面到底都是一些什么文件？有没有都使用了cache呢？clickhouse是不是cache的消耗大户呢？解决这些疑惑就产生了另外一个需求，需要一种可以统计指定目录的cache大小的工具。这次fincore也不行了，fincore有一个致命弱点，即只能获得某个指定文件的cache占用大小，不能获取指定目录使用的cache大小，更别指望统计嵌套目录的cache大小。因此，是时候该请vmtouch出场了，链接：https://github.com/hoytech/vmtouch，还是这句话：轮子就是齐全啊，要啥有啥。
作者: 热情的绿洲 时间: 2023-7-17 11:13
3、vmtouch
vmtouch可以统计指定目录的cache占用大小，即使是嵌套目录。
迫不及待的直接奔主题，看看clickhouse目录/opt/runtime/esch/ch/store下是什么，以及使用了多少cache。截取了该目录下的部分文件，内容如下图所示。
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直接统计一下/opt/runtime/esch/ch/store目录占用的cache规模吧，结果如下图所示。
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shit，居然吃了我42GB的内存啊！地主家的余粮也不多啊---老板哭着说。
激动之余，我还要确认一下42GB cache的使用者是不是它！如何证明呢，还是使用“echo 1 > /proc/sys/vm/drop_caches”，看看释放完毕之后，free可用内存的大小是否会增长42GB左右。
执行前的内存分布情况：
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执行后的内存分布情况：
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执行cache释放后，free从2GB变为了45GB，扩大了43GB；buffer/cache从46GB变为了3GB，减小了43GB。从cache释放了clickhouse的42GB+1GB其它程序占用的cache，说明我们环境上，clickhouse就是cache的消耗大户！老板沸不沸腾我不知道，反正我是沸腾了。
四、clickhouse cache耗费
为什么clickhouse对buffer/cache的消耗如此巨大？在好奇心的驱使下，又开始了新的调查。此时此景想到了一句歌词：一波还未平息，一波又来侵袭，茫茫人海，狂风暴雨。。。
1、clickhouse cache耗费原因
从哪开始调查呢？想起了lsof命令的执行结果，如前文图9所示的重要线索，clickhouse有大量时间都在打开目录：/opt/runtime/esch/ch/store/032/03216cf6-357f-477f-bc9b-5eedb07a5d07，判断该目录下面肯定有大量消耗cache的文件。直接进入该目录，继续使用vmtouch统计，不出所料，结果如下图所示，032目录就吃了24GB内存，心好痛啊。
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clickhouse的什么机制会如此疯狂的消耗cache呢？我们再看看目录下有些什么类型的文件，截取了部分文件。
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发现目录下主要是很多以日期编号开头的目录文件，有纯数字组成的，也有带有merge字符的目录。随便打开一个5月17日当天的目录文件：20230517_563264_565136_5
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0230517_563264_565136_5 目录就占用了2GB cache，惊不惊喜意不意外？而且上面的所有文件，都完全加载到了cache中，比如在磁盘中占用743MB的文件cuid.bin，同样在cache中占用了742MB。
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查阅clickhouse资料后才发现，数字编号的目录都是clickhouse的很多分区part，clickhouse服务会根据相关策略自动的在后台合并这些分区。想想，如果在每一次合并分区时，才将上一次的某两个分区从磁盘进行IO读取，那将带来多大的性能开销。因此，clickhouse的开发者会将上一次的分区合并结果保存在cache里，下一次该分区与其它分区再次进行合并时，直接从内存里读取数据就好了。这就是为什么clickhouse消耗如此巨大cache的原因。当然，clickhouse对cache的消耗与您当前环境的数据存储规模呈正相关。
再来看一个问题，那昨天的所有分区，加载的数据还会保留在cache里吗？
我找了一个昨天的分区，可以发现昨天的分区目录里的文件是不再占用cache的。上一天的分区，clickhouse认为是合并完成的分区，已经不需要再进行合并了，自然就clear了cache的占用，开发者也是想到了的。
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2、clickhouse cache耗费调整
可是当天分区消耗的cache，以及merge过程中使用的cache就让我没法玩了，尤其是在clickhouse服务并未独立部署的场景。那clickhouse自身可以支持改变这一机制吗？带着疑问又开始了一探究竟，完全没法停下来。
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作者: 热情的绿洲 时间: 2023-7-17 11:20
我们的clickhouse版本比较高，看社区记录，clickhouse官方将之前的min_part_size_for_direct_merge改成为min_merge_bytes_to_use_direct_io，Minimal amount of bytes to enable O_DIRECT in merge (0 - disabled)。默认超过10GB时会使用direct_io的方式进行merge。
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那我将min_merge_bytes_to_use_direct_io设置足够小，甚至是1byte，是不是就可以完全避免对cache的使用了？答案是否定的，原因是：min_merge_bytes_to_use_direct_io只是读写表数据时使用了direct_io，替换了常用的buffer_io。也就是说只是在数据传输过程不使用cache，节省的是这个环节的cache内存消耗。merge完成后，先通过direct_io将数据写入到磁盘，同时会继续使用cache缓存merge完成后的数据，方便为下一次与其它分区进行快速merge做准备。因为每次merge都是merge旧数据与新数据，因此新合成的分区所使用的cache只会比merge前的更大。direct_io与buffer_io的区别如下图所示。
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需要注意的是，设置min_merge_bytes_to_use_direct_io还有一个副作用，当发生merge行为时会导致磁盘IO急剧拉高。因为direct_io是对磁盘进行直接操作，这种IO方式与buffer_io(使用了page cache做缓冲层)相比，带给磁盘的冲击更大。但是如果钞票比较多，可以做磁盘raid，或者增加了SSD，磁盘能够扛住direct_io冲击的同时，还能支持前端的丝滑查询，那就另当别论啦！
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另外还设置过相关参数：max_bytes_to_merge_at_max_space_in_pool，用处不大，就不继续介绍了，读者可以自行验证。只能说clickhouse当前没有提供待merge分区文件所占用cache的清理机制。
五、cache清理
一顿操作猛如虎，定睛一看原地杵。clickhouse自身无法限制cahce消耗；“echo 1 > /proc/sys/vm/drop_caches”又太粗暴，会清理掉其它进程加载到cache中的内容。只想搞掉clickhouse占用的大量cache，该怎么办？
有时候你不得不相信车到山前必有路，船到桥头自然直。再次请出vmtouch！
vmtouch的help中有一个“-e”的选项，即“evict pages from memory”，顾名思义将page cache从内存中驱逐出去。既然vmtouch可以统计指定文件或目录占用的cache，那自然就可以实现对指定文件或目录的cahce清理！
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先来看看执行效果。执行前有内存分布，以及某个目录下cache的使用情况：
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执行：vmtouch -e ./* 后，内存分布如下图28所示。惊喜吗？刚好减少了某个目录下占用的30GB cache，同时free内存增加了30GB，实现了对指定目录cache消耗的定点清理！
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很好奇vmtouch实现指定目录内存清理的方法，去看了看源码，简单贴两张图就大致明白了。
1、传递指定path；
2、如果该path下无目录，则通过vmtouch_file函数执行cache的释放操作；如果该目录下存在其他文件（包括子目录），则遍历该目录下的所有文件，并通过vmtouch_crawl实现递归调用，回到第1步。
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那vmtouch_file函数如何实现cache的释放操作呢？答案就是通过系统调用：posix_fadvise，并使用POSIX_FADV_DONTNEED宏。定义如下：
- <font size="3">1 int posix_fadvise(int fd, off_t offset, off_t len, int advice);
- 2
- 3 advice:
- 4 POSIX_FADV_DONTNEED，指定的数据在未来的一段时间内不会被访问，丢弃page cache中的数据</font>
当advice为POSIX_FADV_DONTNEED时，内核会先将脏页刷盘，再清除相关page cache，从而达到cache释放的目的！
[attach]146385[/attach]
但是查阅资料，发现 posix_fadvise 实现脏页刷盘使用的参数是：WB_SYNC_NONE，即posix_fadvise 不会同步等待其它进程发起的脏页刷盘行为，这可能会带来一个问题：不能完全释放指定路径下的cache，因此可以在执行cache释放前先使用 fsync，将所有的脏页进行回写，完成后再调用 posix_fadvise，实现指定path下所有cache的释放。如果不关心脏页使用的cache是否可以被全被释放，那直接使用posix_fadvise 就好了。
写到这里，可能有些读者会产生一个问题，清理cache就真的很好吗？答案是肯定的。为什么这么说呢，我想可以概括为以下两点：
一是有些服务使用完cache后，这部分cache再也不会被访问，这一类cache消耗当然是需要干掉的；
二是类似我们环境clickhouse这一类应用，它们会再次使用之前使用过的cache。这种情形确实不好办，但是如果不办它，最后就是大家都别玩了，鱼和熊掌不可兼得。因此，对这一类应用，定期清理cache是必要的，通过一个折中的办法让大家共存下来。对依赖cache这一类应用，cache清理后就只有辛苦下磁盘了（人在家中坐，锅从天上来）。
六、结语
摸索cache的过程曲折且漫长，还好最后找到了一个大家都可以接受的办法。文章篇幅比较长，简单总结一下全文吧，概括起来可归纳为以下四点：
1、验证了 hcache 无法统计cache的全面消耗情况，推荐了一种通过 lsof+fincore 探测进程中活跃目录以及文件的方法，并以此作为cache消耗的关键调查线索。这种方法适用于多种场景下的cache消耗调查，不仅仅是clickhosue。
2、通过vmtouch可以统计出某个文件、目录，甚至是嵌套目录下各文件真正使用cache的大小，从而明确cache消耗的分布情况。
3、分析了clickhouse大量消耗cache的原因，探索了clickhouse自身是否具备减少cache使用的能力和机制。
4、提供了清理各文件，或者各指定目录所占用cache的通用方法，属于定点清除的骚操作。
技术是不断实践积累的，在此分享出来与大家一起共勉！
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