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请问

应用服务器：Resin、Tomcat、Jboss、WebLogic等等,哪种服务器好呢?使用多的是WebLogic和Tomcat.
利用Struts的系统框架来搭建完善的、易用的Web应用程序，并可以利用MVC架构来开发高效率、高性能的Web应用程序。还有EJB架构,这些都不太清楚,liummyliao既然在,那给说清楚点.
（IDE）开发工具Jbuilder、eclipse、Visual J++等等。
怎么搭配好呢?
比方说Jbuilder+ Tomcat、eclipse+ Tomcat.
有人喜欢在在IDE中配置 Tomcat.但是有人将开发工具和应用服务器分开使用你的建议?
对了,如果你在DOS窗口中能否开发程序呢?

什么玩艺！
废话，当然是花钱的东西好了，免费的东西也就是玩玩。
开发工具和应用服务器分开？没听说开发工具还是服务的一部分。你要是纯开发WEB应用，用ECLIPSE和JDK足够了，JBUILDER只是针对界面开发省事，效率啊，嘿嘿，不敢恭维！

楼主描述问题有些不是很清楚,但大体明白了.

有关开发工具:

1．        Jbuilder自动化程度较高，大家比较熟练。但开发时资源占用大，影响开发速度。属于收费软件。
2．        Eclipse可安装插件，且支持插件较多，属于免费软件。在使用插件不太多的情况下，资源占用少，速度较快。不足之处：如jsp开发插件不尽如人意。

至于web server的选择,毕竟有些是收费的,还要看公司了.

IDE 我推荐eclipse  加入一些插件 比方myeclipse等等对于开发web没有发现什么困难。

至于服务器就看你的需要了，对于一般的web应用，Apache   Tomcat足矣！    Tomcat最大的优点就是他是一个open   source的项目，配置和使用相对简单，weblogic，websphere等商业产品支持EJB等J2EE更高级规范。